故事旁(pang)白从(cong)雷(lei)克斯·路瑟开始(shi)，描述超人所作(zuo)的(de)英(ying)雄事迹(ji)及形象(xiang)。雷克斯描述超人作为一个地球上(shang)的神(shen)，但(dan)坚(jian)持说“该来(lai)的(de)时候(hou)，甚至是神也必须(xu)要死”。
　　露易丝·莲恩和超人正在浪漫的约会，但(dan)露意丝对他们的(de)关系安排并不满意。超人坚(jian)持认(ren)为，两人的关(guan)系只能隐(yin)密地在孤独堡垒中度过(guo)。他还没有向他(ta)透(tou)露自己(ji)真实身(shen)份(fen)是克拉克(ke)·肯特，尽管露意丝(si)已经开始怀(huai)疑(yi)。
　　另一方面雷克斯公司挖(wa)掘(jue)到一(yi)艘太空(kong)船，当(dang)工人正在执行挖掘的工(gong)作时不(bu)小心(xin)将基(ji)因改造的(de)凶(xiong)残怪物末日杀手释放。末日杀手将工人们全数杀害后一步步走到了都(dou)市，一路上(shang)将鹿、狗、狗(gou)的主人(ren)全(quan)都杀(sha)死。横冲直撞的末日杀(sha)手到达大都(dou)市后随即被超人发现，两人并展开大战。最后超人全力抓着它从高空直落撞击地(di)面(mian)，露易丝与同事吉米(mi)·奥尔(er)森告诉(su)受(shou)重伤的超人(ren)已成功打倒敌(di)人，但超人也(ye)因受伤过重(chong)而(er)断了气。
　　世(shi)界集体哀(ai)悼他们倒下的英雄，并在(zai)公园建立了(le)超人的(de)纪念碑(bei)。后来雷克斯将他的女助(zhu)理一枪杀死以确保再也没人知道雷克斯公司和末日杀(sha)手的出现有(you)关。后来吉米(mi)对(dui)超人的死相(xiang)当难过，意(yi)外地到(dao)了其他大(da)间的报社上(shang)班。超人死后，犯罪率(lv)增加，玩具(ju)人操控著巨大机械蜘蛛并挟持了一辆(liang)戴满小孩的(de)校车在屋顶上(shang)，露易丝决定将(jiang)人质救出，便(bian)独自前往，但在遇(yu)到(dao)危机(ji)时(shi)，超(chao)人意外地及时出现(xian)制伏了玩(wan)具人。露易丝开心地和复活的超(chao)人(ren)一(yi)吻，后来(lai)超(chao)人的(de)养母玛莎感到质疑为什么他没(mei)有打电话回家，露易丝也认为超人有点奇怪。
　　后来(lai)透(tou)露其实复活的(de)超(chao)人(ren)是雷克斯制造的克隆人，雷克斯在超人与末日(ri)杀(sha)手一战时采集了前(qian)者的血液，因此(ci)复制超(chao)人只(zhi)听命于雷克斯。后来雷克斯(si)将复制(zhi)超人引到了一(yi)间有红色太阳光的(de)房间，并戴上(shang)氪石的手套不断打(da)击(ji)他(ta)藉(jie)以发泄。打完后雷克斯便(bian)前去看他私自挖(wa)出的超人本尊(zun)尸体。但实际上超人还活着，并偷偷地被(bei)超人的机器人助手移到孤独堡垒中恢复。
　　复制超人在(zai)看(kan)到逃(tao)狱后的玩(wan)具人(ren)杀死了一名4岁的女孩的报导时，性格突然变得灰暗，即刻前(qian)去把(ba)玩(wan)具人杀掉，此作(zuo)法使得(de)周遭的人(ren)感到奇怪，警察也开始追捕他，露易(yi)丝认为他不(bu)是真(zhen)的超人(ren)。后来露意丝和吉米发现了雷克斯想要复制超人大军(jun1)的计划，在雷(lei)克(ke)斯(si)正打算将两人解决时，突然(ran)复(fu)制(zhi)超人出面帮助(zhu)了两人且还将所有的复(fu)制超人试管全(quan)数破坏，因为复制超人(ren)自(zi)行将(jiang)自己体内含铅的氪石拿(na)出使得雷克(ke)斯无法控制他。
　　另一方面真正的超人在机器人助手的帮助(zhu)下渐渐(jian)恢复力量，但后来听到有关(guan)军队(dui)和复制超(chao)人开战的消息便即时前往(wang)，但因力(li)量只恢复(fu)了六成，机器(qi)人给他穿上了黑色的太阳超(chao)人(ren)装(zhuang)并(bing)将氪石枪交给(gei)超人(ren)。后来超人便和复(fu)制超人展开对战，超人的(de)氪石枪(qiang)被打飞至远处，超人持续处于下风，露易(yi)丝将氪石(shi)枪捡起(qi)并打(da)算射复制超人(ren)时(shi)被对方破坏了(le)枪，但氪石罐掉了出来。复(fu)制(zhi)超人在石油地(di)打倒(dao)超人(ren)时将一(yi)旁(pang)的(de)纪(ji)念碑举起(qi)打算了(le)结(jie)对方(fang)，超(chao)人用(yong)热力(li)射线将(jiang)黏于复制(zhi)超人胸口的氪石罐(guan)打破冒(mao)出了大(da)量的氪气(qi)体，复制(zhi)超人因此败(bai)北。临(lin)死前，他告(gao)诉超人要保(bao)护(hu)人(ren)民(min)。露易丝确定了(le)他是真(zhen)正(zheng)的超人并亲(qin)吻了他，同时也赢(ying)得大家的信赖。
　　超人在露(lu)易丝(si)的公寓，发现她的文章“复活”拼(pin)错(cuo)，并戴上眼镜(jing)证(zheng)明自(zi)己就是克(ke)拉克，露易丝便高兴地拥(yong)抱他。在雷克斯公司，雷(lei)克斯(si)先(xian)前被复制超人打成(cheng)重(chong)伤，但(dan)仍活(huo)着(zhe)叙述历史已经(jing)证明，神可以(yi)死，但他们还可以回到(dao)从(cong)死里复活。他对自(zi)己微笑(xiao)、沉思，可(ke)能又再想要如何摧毁(hui)超(chao)人。