洪荒时(shi)期，黄帝、炎帝、蚩(chi)尤三大部落争取天下(xia)。炎帝部落(luo)老首(shou)领之子(zi)炽因不满父亲将首领之位传于身世不明的炎而发动叛乱(luan)。炎帝平(ping)息了(le)叛乱后，炽(chi)下落不明。不(bu)久，炎帝被黄帝打败之后，突然隐姓埋名(ming)远(yuan)走他乡。多(duo)年后炎帝化(hua)名为神(shen)农(nong)，尝百草救(jiu)世人。多年后(hou)，炽化名为瘟(wen)神，处(chu)处与(yu)神农作对，更制造出瘟(wen)疫，祸(huo)害世人，令神农苦苦无(wu)法破解。
炎帝部(bu)落的衰(shuai)落使得争取天下的大战将在黄(huang)帝和蚩(chi)尤间展(zhan)开。一次(ci)，双方交战正酣，突闻各(ge)自(zi)部下来报：自(zi)己部落(luo)中发生(sheng)大规模瘟疫。黄帝和蚩尤立刻收(shou)兵，赶(gan)回各自(zi)部落查看救援。
黄帝发现(xian)自己的(de)很(hen)多子民(min)在这场大瘟疫中患病、丧生，忧心忡忡。人群中，黄帝发现了帮助救治(zhi)病人(ren)的神农。两个老对(dui)手再(zai)次相逢。黄帝对神农既充满怨恨又十分(fen)敬重。尽管神农用尽(jin)了方法，也只能(neng)暂时控制瘟疫的蔓延，并不能够彻(che)底(di)的消除瘟疫(yi)。神农感怀世人疾苦，独自祈求上天(tian)，以期求得清除(chu)瘟(wen)疫之法。
天宫中，玉帝(di)的(de)妹妹花神生性豁达善良，眼(yan)中没有尊卑长幼之分。玉帝的七个女儿(er)七位仙(xian)女(nv)更被花神认做是知心的(de)好姐妹。七位仙女虽然(ran)经常(chang)被花神的一些(xie)古(gu)怪想法和(he)言行(hang)折腾得不知所以，苦不堪言(yan)，但(dan)是从心底尊敬(jing)和喜欢这位平易近(jin)人、性格爽直的长辈。花神(shen)带领(ling)七位仙女种(zhong)植盘古(gu)大神死前留下(xia)的种子，实验无数次均遭失败，终于在一次(ci)偶然的机会下获(huo)得(de)成功。在玉帝的建议下(xia)，众人(ren)把这种从未见过的东西(xi)以花神(shen)的名(ming)字(zi)命名为花(hua)。
玉帝(di)被神农(nong)感动，召(zhao)见神农。神农禀(bing)明来意(yi)。玉帝表示此乃人间必然的(de)劫数，天庭不便(bian)插(cha)手。神农失望欲归。花(hua)神久闻人(ren)间的神农尝遍百草，正好与自己兴趣相投(tou)，偷偷在南天门拦下神农，邀请神农互相切磋，交流心得。神农(nong)在花(hua)神处看到(dao)花(hua)，十分惊奇(qi)。神(shen)农研究(jiu)后发现，百草的药(yao)性不足以清除瘟疫(yi)，而花正(zheng)是清除(chu)瘟疫的良方。花(hua)神得(de)知花除了装(zhuang)点天宫，在人间还(hai)有如此(ci)妙用，十(shi)分慷慨地送给神农花的种子和一些(xie)花瓣。
神农回到人间，尝试用花瓣(ban)和(he)草药混合(he)用药，成功地化解(jie)了这场(chang)瘟疫。蚩尤(you)蠢蠢欲(yu)动(dong)，黄(huang)帝(di)准备应战，神(shen)农置身(shen)事(shi)外(wai)精心栽培(pei)花种，爱人若(ruo)兮默默从旁相助(zhu)。
花神在天(tian)庭成功培育出百种花品。百花宴(yan)上众(zhong)仙同(tong)贺，玉帝龙颜大悦。花(hua)神(shen)想起神农，对神(shen)农(nong)在人间种植鲜花的(de)进(jin)展(zhan)情(qing)况充满好奇。在七(qi)仙女的(de)协(xie)助下，花神混出天宫(gong)，来(lai)到人间寻找神(shen)农。毫无下(xia)凡经验(yan)的花神(shen)落到河边的(de)一个小村子(zi)里，遇到龙太(tai)子带着虾兵蟹将强抢(qiang)民女，花神挺身而出，龙(long)太(tai)子垂涎(xian)花神美(mei)貌，双方动起(qi)手来。花神发现自己的神仙法力无(wu)法在人间施展(zhan)，终(zhong)于失手不敌，被龙(long)太子(zi)擒回龙宫(gong)。
玉(yu)帝发现花神失踪，七仙女只得说(shuo)出实情，玉帝震怒(nu)，派出千里眼，顺风耳查(cha)找，竟未发现花神踪迹。太白金星指出未经玉帝批准下凡的神仙(xian)是(shi)没有(you)法力(li)的，七(qi)仙女更加担心花神(shen)的(de)安危，主动(dong)提出要戴罪立功下凡寻找花神，在太白金(jin)星的(de)力(li)保之下，玉帝准(zhun)奏，派二姑(gu)娘、五姑娘和六姑娘三人下凡(fan)。
龙太子(zi)把花神关押(ya)在龙宫密室(shi)，意图不轨(gui)。花神逃出龙宫，顺手拿(na)走(zou)了龙宫中的宝(bao)物。花(hua)神逃(tao)到岸边筋(jin)疲力(li)尽，龙太子(zi)尾随追来，黄帝偶遇落(luo)难的花(hua)神，上(shang)前阻止(zhi)龙太子(zi)，龙太(tai)子欲(yu)置黄(huang)帝于死地，却(que)莫名其(qi)妙地被黄帝打(da)伤逃走。黄帝把昏(hun)迷(mi)的花(hua)神救回军营之中。
花神醒来发现自己已经脱险(xian)。黄帝与蚩(chi)尤即将(jiang)交(jiao)战(zhan)，劝花神(shen)离(li)开(kai)。花神感激黄帝(di)，决定先留(liu)下来帮助黄帝。花神充当(dang)黄帝的先锋出战，蚩尤轻敌被(bei)花神(shen)打败。黄帝也(ye)为(wei)花神的豪爽性(xing)情所(suo)感，把酒言谈中，二人结(jie)拜为兄妹(mei)。花神从黄帝处打听出神农踪迹(ji)。黄帝(di)十(shi)分好奇(qi)义妹之(zhi)身份。黄帝交给花神一个发簪(zan)，让花神遇到若兮后(hou)交给她。花神不明(ming)内情，还是答应。翌日黄帝酒醒，发现义妹(mei)花神已经留书作(zuo)别悄(qiao)然离去(qu)。
三位仙女下凡来到太古城，却(que)因为相貌被玉帝(di)变(bian)丑，处(chu)处遭(zao)人排斥。以酿酒(jiu)换取(qu)物品(pin)为(wei)生(sheng)的杜(du)族(zu)族长杜康为人爽直，收留(liu)了三位仙女(nv)。以当成媒婆为(wei)人生最(zui)大理想的夫人宝娘却精(jing)于算计。三位仙女(nv)被(bei)困在杜康府中(zhong)干杂活。
神农培植鲜花(hua)未(wei)果，焦急(ji)中一夜(ye)白(bai)发(fa)。若兮安(an)慰神(shen)农。神农初显(xian)咳(ke)血症状，瞒过了(le)若兮。花神找到神(shen)农，神农大喜。花神留下一起与神农进行实验。
三位(wei)仙女(nv)帮宝娘(niang)打(da)杂(za)多日(ri)，在宝(bao)娘的(de)刻薄(bao)算帐方(fang)法之下竟然还是未能(neng)脱(tuo)身(shen)。宝(bao)娘前去(qu)太古城势力最大的赵族族长府说(shuo)媒，被赶回(hui)。宝娘忿忿不(bu)服。
花神的(de)努力也未(wei)能奏(zou)效，情急之(zhi)下要去附近的太(tai)古城(cheng)采集新的泥(ni)土(tu)和水样。若(ruo)兮悄悄把花神稍来(lai)的发簪送(song)给花(hua)神做盘缠(chan)。神农发现了发簪，帮若兮留(liu)了下(xia)来(lai)。
花(hua)神在太古城遇(yu)到(dao)了三位仙(xian)女。三位仙女也因为找到了花神，完成了(le)任务(wu)而被取消了限制，恢复(fu)了容(rong)貌(mao)。赵族族长(zhang)之(zhi)子赵公明偶遇(yu)六姑娘，竟(jing)然对(dui)六姑(gu)娘(niang)一(yi)见钟(zhong)情。宝娘(niang)做媒婆的梦想再(zai)次得到(dao)发挥的空间。
三位仙女催促花神(shen)返回天(tian)庭。花神见(jian)花在人间始终培育(yu)不(bu)出，也想回天庭查明原因。众仙(xian)子遂(sui)回到天宫。
玉(yu)帝训斥了花神。其间龙王因(yin)丢失(shi)宝物带领龙太子向玉帝禀告请罪。龙(long)太子(zi)发(fa)现(xian)花(hua)神竟然(ran)是玉帝的妹(mei)妹(mei)。龙(long)太(tai)子一番狡辩让花神也有(you)理说不出。龙太子又看上了(le)五(wu)姑(gu)娘，正式向玉(yu)帝提(ti)婚。花神极力反对，玉帝不好回(hui)绝，两难下只得决(jue)定比武招亲。
花(hua)神(shen)为五(wu)姑娘想到计策，在(zai)比(bi)武中用玫瑰花刺(ci)伤了龙太(tai)子，龙太子悻悻而去。
花神在(zai)太(tai)上(shang)老君的提醒下终于明白人(ren)间(jian)水(shui)土不行(hang)。只有用盘古身(shen)躯(qu)和血脉化成的(de)净土和真水(shui)才能在(zai)人间种植出鲜花。花神决定(ding)再次下凡寻找分布于五岳的净土和天池的真(zhen)水(shui)。花神(shen)最(zui)终说服(fu)了玉(yu)帝，带领(ling)二姑娘、五姑娘和六姑娘重新(xin)回(hui)到了处于五(wu)岳当中的(de)太(tai)古城。杜康府成为(wei)了众人的(de)中转之地。神农也(ye)加入了进(jin)来。
在(zai)东(dong)岳，龙太子设计陷害众人，终被(bei)识破，其间花神等(deng)人还认识了孝顺的句芒。凡人进入东岳有去无回的迷团也被(bei)花(hua)神解开。花神与东岳之精女魃还结成了好姐妹。
在南(nan)岳(yue)，花神帮(bang)助村民赶走了年兽。把法宝噬火珠传给了(le)五行(hang)属火的祝融。南岳中(zhong)，花(hua)神等(deng)人被数(shu)个年兽一(yi)样的凶猛怪兽围困，却(que)没想到在暗中操(cao)纵(zong)的正是(shi)花神好心救下的(de)小狗小黑。花(hua)神(shen)受(shou)伤与众人(ren)失散(san)，被一对(dui)神鹿了了(le)和乐乐(le)所救。众人(ren)被小黑引入神秘的神(shen)之禁地。花(hua)神请来(lai)二郎(lang)神帮忙(mang)。土地、灶王、灶婆、山魅(mei)等也赶来相助。神之禁地终于被破解(jie)。小黑也被二(er)郎神(shen)收服。花神为小黑起名为哮天。
在西岳，花(hua)神结识了猎(lie)户后(hou)羿(yi)和(he)嫦娥。西(xi)岳山(shan)神的儿(er)子华山三(san)郎是龙太子的朋友，他设(she)计陷害了花神等人，却被神秘人救下。蟒精红姑娘被龙太子(zi)蒙(meng)骗，前来寻找花神为龙太子报仇(chou)。红姑娘受伤离去。六姑娘也身受重伤。赵公明和句芒分别(bie)心(xin)仪六(liu)姑娘和二姑娘，结伴前来西岳找寻，却救下了红姑娘(niang)。二人拜红姑娘为师。
在北岳，花神帮(bang)助了夸父族(zu)，解开了夸父追日之迷。红姑(gu)娘步(bu)步(bu)紧(jin)逼，花神(shen)却一(yi)再放过红姑娘(niang)。红姑娘开始对(dui)花神改(gai)变了看法。
神农失(shi)明(ming)，让大家虚惊一场。而踌躇满志的黄(huang)帝却被蚩尤和刑(xing)天的联军(jun1)打得大败。若兮也在这场大(da)战中(zhong)不幸遇难。若(ruo)兮的死(si)彻底激怒了花神(shen)。花神不顾众人劝阻，帮(bang)助义兄黄帝追杀蚩尤。玉(yu)帝调查花神(shen)行踪时发(fa)现花神违(wei)反天庭禁(jin)忌，插手人间(jian)的争斗，怒而(er)下凡，欲让黄帝输掉这(zhe)场战役(yi)。黄帝与(yu)玉帝一战竟然是平局收场。黄(huang)帝也明白(bai)了(le)自己的身(shen)世。原来(lai)女娲有三个(ge)子女(nv)：除了女儿花神(shen)外，玉帝掌管(guan)天宫，黄(huang)帝(di)掌管(guan)人间(jian)。为保(bao)持平衡，黄(huang)帝在(zai)人(ren)间的法力是被封印(yin)住的。而(er)为了不让天(tian)庭对人间横加干涉，为(wei)所欲(yu)为(wei)，黄(huang)帝在遇(yu)到神(shen)仙时，封(feng)印就会被解除。花神这(zhe)才(cai)知(zhi)道，义兄黄帝竟然是自己的亲哥哥。同时，花(hua)神也(ye)清楚(chu)了黄(huang)帝与(yu)炎(yan)帝(di)神农以(yi)及(ji)本为(wei)黄帝爱人若兮之(zhi)间的(de)恩恩怨怨。
玉帝率(lv)众返回天庭，但仍对黄帝心存(cun)芥蒂(di)。黄帝(di)得知花神等(deng)人(ren)的(de)目的(de)，也极力支持花(hua)神找到净土与真(zhen)水，让鲜花(hua)开满人间。花(hua)神等人再次(ci)踏上(shang)征(zheng)程。神农却因(yin)伤心(xin)过度，独自离开。颓废的神农偶遇(yu)无(wu)名人(ren)，欲随之避世(shi)不出。无名人重新激起了(le)神(shen)农对生活的信(xin)心。神农也(ye)知道(dao)了面前(qian)的(de)无名人(ren)的真实身份：人王伏(fu)羲(xi)，自己的父(fu)亲。
在中岳，神农与众凡人联(lian)手(shou)破除了连神(shen)仙都很(hen)棘手的五行(hang)阵。之后，花神违(wei)抗玉帝(di)的旨意，从二郎神手中救下(xia)了朱雀。四圣兽齐聚花神麾(hui)下。龙(long)太子修炼大成，出关擒下花神众(zhong)人，逼迫(po)五姑娘(niang)成亲。尾随花神等(deng)人的红姑娘出手相救，却被(bei)龙太子重伤打下山崖(ya)。花神(shen)等人慌忙中逃进一个山洞，发现此山洞机关重重，异常神秘。原(yuan)来此山洞正是最后(hou)一处净土的收藏地(di)，看护者(zhe)乃是伏羲。伏羲拒(ju)绝交出(chu)净土，提(ti)出用比(bi)武的方式(shi)决定净(jing)土的归属。比武(wu)中，伏羲激发了(le)神农巨大(da)的潜力，让神农明白(bai)人(ren)类也(ye)可以掌握强大的力量。伏羲(xi)含(han)笑死在神农手(shou)上。
瘟神的主(zhu)人神秘人救下了(le)红姑娘，并赐予她(ta)强大(da)的力量。红姑(gu)娘假(jia)意投靠(kao)神秘(mi)人(ren)，接(jie)到的第一(yi)个(ge)命(ming)令却是暗中保护(hu)花神等人。
花神得(de)到消息，黄帝终于打败了蚩尤，统一了中原。没多久，突变袭来。天上(shang)出现(xian)了十个太阳。玉帝取出盘古留下的神弓却无法使用(yong)。花(hua)神找到(dao)了(le)后羿。后羿用神弓射下了九个太阳(yang)。后羿深爱嫦娥，谢绝了玉帝(di)招他(ta)成仙(xian)的邀请，只是推(tui)辞不过，收下了王母赏赐(ci)的仙(xian)丹。后羿(yi)徒弟逢(feng)蒙觊(ji)觎仙丹(dan)，趁后羿出门想(xiang)偷取仙(xian)丹却(que)被(bei)嫦娥发(fa)现。争(zheng)斗中，嫦(chang)娥情(qing)急(ji)之下吞下仙丹飞天而去(qu)。后羿误会嫦娥，几(ji)欲射(she)杀嫦娥(e)。花神让后羿(yi)明(ming)白了事情的真相。逢(feng)蒙却被(bei)神(shen)秘人救走。
在天(tian)池附(fu)近，花神(shen)等人遇到了水灵族(zu)人。花神答(da)应水灵族长老帮(bang)助解(jie)决水灵兽发(fa)狂导致(zhi)族(zu)人断水一事。水灵族的共(gong)工跟随花(hua)神等人(ren)前(qian)去天(tian)池(chi)。花(hua)神等人敌不过水灵兽。花神(shen)和神农被水灵族上任长老救下，又得知(zhi)了(le)水灵族以及真水、水灵兽跟女娲之间的(de)来龙去脉。与此同时(shi)，花神(shen)对神农的感(gan)情也慢慢发(fa)生了变化。花神收(shou)服了水灵(ling)兽(shou)。共(gong)工却吞(tun)下水灵兽的内丹(dan)成为水神，抢夺(duo)真(zhen)水。祝融修行(hang)经过此(ci)地，与(yu)共工进行了一场水火大战。共(gong)工(gong)逃走，花神为了真水(shui)回(hui)到水(shui)灵村查询共工(gong)的下落，却(que)发现(xian)水灵族(zu)人被逢蒙和红姑娘劫持。逢蒙要(yao)求花神交出真(zhen)水。红姑娘(niang)杀掉(diao)逢蒙，独自离去。花神也接到消息(xi)，天(tian)庭再遭变故，玉(yu)帝失(shi)踪。人间的(de)黄帝也忽(hu)得怪病，昏迷不醒。天人两(liang)界一片(pian)大乱(luan)。花神暂(zan)时放弃了(le)取最后的真(zhen)水，开始着手调查。
一直隐藏在暗处的神秘人魔帝终于现(xian)身(shen)，他(ta)从花神(shen)处偷得了部(bu)分(fen)净土，吸取了其中的力量(liang)，并占用(yong)了龙(long)太子的身躯，妄图称霸天人两(liang)界。花神再次得知了(le)令自己(ji)震(zhen)惊的(de)家(jia)族(zu)秘史：盘古开(kai)天后，筋骨(gu)血脉化(hua)为(wei)人间的净(jing)土真水(shui)。女娲(wa)吸收了天(tian)地之灵气，随后(hou)生下玉帝、黄(huang)帝(di)与花神。女娲也开(kai)始造人做为(wei)黄帝(di)的子民。正当女娲准(zhun)备神(shen)游天外的时候，竟然又(you)生下一子。此子(zi)降生时(shi)伴有天劫：天上(shang)破了一个(ge)大洞(dong)。女娲认(ren)为此子为不祥之人，补(bu)天后，把此子封印在九重天外(wai)。然后(hou)自己神游而(er)去。魔帝默默孕育修(xiu)炼(lian)，终于冲破封印(yin)，发现(xian)天上人间并无自己容身之处。不甘心的魔(mo)帝便开始了报复计划，意图统一天人两界。
花神连劝带(dai)斗仍然控制(zhi)不住(zhu)魔帝的扩张。危难中，赵(zhao)公明和(he)六(liu)姑娘等几对(dui)情侣也终(zhong)于冲破(po)了内心(xin)的顾虑(lv)，走(zou)到(dao)了一起(qi)。瘟(wen)神和(he)共工(gong)战死。后(hou)羿、红(hong)姑娘(niang)、赵(zhao)公(gong)明、句芒(mang)、宝娘(niang)等人也(ye)纷纷死在魔帝手中(zhong)。花神不顾一切违反天宫第一(yi)禁忌进到盘(pan)古(gu)洞中，拿出开(kai)天斧(fu)，要和(he)魔(mo)帝生死决战。不料(liao)花神自己被开天斧控制了(le)神智(zhi)，戾气大(da)增，反而同魔帝联起手来。
水灵族长老用(yong)生命为代价救下神农，并传给他(ta)水灵咒。神农用水(shui)灵(ling)咒唤醒了花神。花神欲行刺魔帝被魔帝发现。魔帝开始(shi)追杀花(hua)神。岌岌可危之时，女娲回归，降(jiang)伏了魔帝。花神劝说(shuo)母亲(qin)放过(guo)魔帝。女(nv)娲遂(sui)开辟了(le)冥界供魔帝职掌。
众人皆以为天上人间重归(gui)太(tai)平。不(bu)料(liao)女娲看见人间(jian)仍然是荒芜一片，纷乱(luan)四起，十分(fen)寒心，有(you)了灭世(shi)的念头。玉(yu)帝和(he)黄(huang)帝联手(shou)与女娲一战，终不是女娲的(de)敌手。紧要关头，花神(shen)取得了真水，人间终于(yu)开出(chu)鲜(xian)花(hua)。女娲见此景象，认为人间尚有希望，打消了灭(mie)世的(de)念头，再次神游而去(qu)。
天上人间重归和(he)谐。神农也写出利用鲜花(hua)和草药制成的药方，供世人对付(fu)瘟(wen)神留(liu)下(xia)的瘟疫。神(shen)农再也隐(yin)瞒不(bu)住自己(ji)的病(bing)情，终(zhong)于病发(fa)。原来神农(nong)尝遍百(bai)草，体内毒素已(yi)经到了不可(ke)控制的地步。神(shen)农再次拒绝了花神化身(shen)成仙的建议。花神含泪(lei)看着神农死去。花(hua)神率领七(qi)仙女在天上(shang)洒(sa)下鲜花，仿(fang)佛在涤清人间一(yi)切污秽，又仿佛在默默怀念着(zhe)神农。
