元军攻打日本之际，中国大陆(lu)的(de)妖怪(guai)为了得到死者魂魄亦东渡日(ri)本。在(zai)这里，他(ta)们遭遇了犬夜(ye)叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战(zhan)，大陆(lu)妖(yao)怪最终被封(feng)印在斗牙(ya)王(wang)的牙齿中。                                    
                               　　时间回到战国时代，四(si)魂之玉(yu)的一枚碎片飞到(dao)不(bu)归之森，唤醒了大(da)陆(lu)妖(yao)怪(guai)首领之子(zi)玛瑙丸(wan)。为(wei)了解开被斗(dou)牙王牙齿所(suo)封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃(li)、玻璃将犬夜叉一行人引到(dao)不(bu)归之(zhi)森，并(bing)诱使犬(quan)夜(ye)叉用铁(tie)碎牙斩断结界。结界消失，被封印上(shang)百年的力量(liang)开始复活(huo)，玛瑙丸变得愈(yu)加(jia)强(qiang)大。与此同时，玻璃和琉璃(li)分别夺去了珊(shan)瑚的云(yun)母(mu)和法师(shi)的(de)风穴，使(shi)犬(quan)夜叉一方陷入苦战；另一(yi)方面，戈薇(wei)的意(yi)识被玛瑙丸控(kong)制，她迫不得已用箭再次将(jiang)犬夜叉封(feng)印，之(zhi)后更被桔梗推入枯井(jing)，穿越时空回到了(le)现代……