拥有一头青色头(tou)发(fa)的(de)男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这(zhe)名字在日语中带有“深青”的意义），是一名(ming)13岁少年。青的父亲兰(lan)顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪(zong)不明(ming)，而母亲优莱(lai)卡(ka)(Eureka、エウレカ)也(ye)在10年前被美军带走了。由(you)于继承了母亲的特殊基因，使得(de)他能够(gou)看见人眼所(suo)不能看到(dao)的(de)东西，如粒径(jing)为(wei)20nm大(da)小的光粒子，红外线、紫外线等等(deng)（但在(zai)外太(tai)空这(zhe)一特殊(shu)生(sheng)理受到(dao)限制）。小时(shi)与诊(zhen)疗所里的老医生深(shen)井 敏夫一同生活，现正(zheng)在(zai)Generation Blue（蓝色世代(dai)）中。                                    
                               　　女主(zhu)角的名字将是(shi)阿拉塔·娜露，同样是13岁，是(shi)与青一同(tong)成长的(de)青梅竹马(ma)。娜露因为(wei)童(tong)年时的事故而使拥(yong)有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲(chong)绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛(jing)醒觉。娜露有能够听懂(dong)珊(shan)瑚岩心声的特异功能，这是因为(wei)珊瑚岩的一部(bu)分(fen)在她体内成长，从某种程度(du)上(shang)来(lai)说她(ta)和珊(shan)瑚岩存(cun)在部分(fen)融合，但正(zheng)是因为这(zhe)样，导致她自小身体虚弱，需(xu)要把氧气放入在手上的吸(xi)氧器，现与父亲(qin)、妹妹(mei)及祖(zu)母(mu)一(yi)同生(sheng)活中。                                    
                               　　本作的(de)舞台也设定在(zai)冲绳的磐(pan)户(hu)岛上，当时的磐(pan)户岛(dao)正进行著自治(zhi)权回(hui)复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的(de)攻击，而为了保护磐(pan)户岛(dao)，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与(yu)G-Monster战斗的故事就此展开。