柯(ke)南和小五郎(lang)等(deng)拉着大队，来到位于太(tai)平洋(yang)中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流(liu)传(chuan)，大概有关沉(chen)没于海底(di)的(de)古代遗(yi)迹(ji)“海(hai)底宫(gong)殿”，及300年前两名女海盗遗留(liu)下来的宝藏传说。小兰(lan)和园(yuan)子(zi)不(bu)惧(ju)流传，在“海底(di)宫殿(dian)”附近潜水(shui)时，意外遇到一大群正在(zai)寻找宝物的猎(lie)人，不料其(qi)中(zhong)一人突然遭鲨鱼(yu)攻(gong)击，不(bu)幸身(shen)亡！小兰和园(yuan)子(zi)幸运(yun)逃难，柯南见(jian)那位猎人死状诡(gui)异，与灰原(yuan)一起展开(kai)调(diao)查。
　　柯南认为猎人之死，跟宝藏传说(shuo)有(you)着(zhe)莫大关系，他(ta)试图解(jie)开(kai)背(bei)后原因，“海底宫殿(dian)”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找(zhao)到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所(suo)起色，猎人却突然现身，并偷(tou)走了原来发现的(de)宝藏！小(xiao)兰和园子落在猎人的魔(mo)掌之中，性命危在(zai)旦夕！隐藏于传说中的(de)讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年(nian)时(shi)光的暗号，柯(ke)南誓(shi)要逐步解(jie)开迷(mi)题(ti)