位于东京西部的巨大“学(xue)园都市(shi)”。在(zai)总人口(kou)达230万人，其中约8成是学生的这座(zuo)都(dou)市(shi)中，实施着超能力开发的特(te)殊课程，学生们的能力被给予从“无(wu)能力Level 0”到“超能力Level 5”的(de)六阶段评价。                                    
                               　　高中生上(shang)条当麻，也是住在学园都市的学生(sheng)之(zhi)一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能(neng)之(zhi)力，就连神的加护(hu)都能消除的“幻想杀手(shou)Imagine Breaker”，而被评价为(wei)名(ming)落孙山的“无(wu)能力”，过着充满不幸的人生(sheng)。                                    
                               　　而上条的学生(sheng)生(sheng)活，由(you)于暑(shu)假(jia)开始时(shi)从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的(de)她——“禁书(shu)目录茵蒂克丝”相(xiang)遇开始，上条(tiao)就被卷入(ru)了(le)各(ge)种各样的事(shi)件中。统率(lv)学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝(si)关(guan)联(lian)的(de)“魔法”方，在惊险(xian)地(di)解决双方(fang)事件(jian)的过程中，他的人际关系也(ye)逐步扩(kuo)展。之(zhi)后(hou)，魔(mo)法一方(fang)的十字教最大宗派罗(luo)马正教，终于注意到上条(tiao)的存在……。                                    
                               　　如同(tong)呼应魔法方(fang)一(yi)般(ban)，科(ke)学方的(de)学园都市也(ye)有所动作(zuo)。但也有与(yu)逐渐开始对(dui)立(li)的世(shi)界动向抗(kang)争的人(ren)不(bu)断出(chu)现。那(na)些通过与上条有所(suo)关联，而使命运大为改(gai)变的“英雄”们。                                    
                               　　他们挺身(shen)而出与世界对峙。如(ru)同上条当麻(ma)做过的(de)那样。                                    
                               　　科学与魔(mo)法第(di)三次交织之时，故事将大幅推进！！