ネウロイの巣(chao)を破壊した戦いで魔法力を失った宮藤芳佳。501部(bu)隊(dui)が解散(san)した後、彼女は故郷の扶(fu)桑へ戻り、久しぶりに平穏な日々を送っていたが、かつての上官だった坂本たちの計らいで欧州の医学校(xiao)へ留学(xue)することになる。海軍兵学校(xiao)で坂本の生徒(tu)だった服部静夏(xia)と一緒に再び欧(ou)州へ向(xiang)かう宮(gong)藤(teng)。一方(fang)、かつての501部隊の隊(dui)員たちも各(ge)地に散り、それぞれの生活を送っていたが、宮藤の再渡欧や新たなネウロイの兆(zhao)候をキッカケに、再び集(ji)まり始める。そんなとき、欧州を旅する宮藤と静夏の前に、強大なネウロイが出現、宮(gong)藤(teng)はかつてない最大の危(wei)機に陥(xian)ってしまう