2285年(nian)，在(zai)与可汗(han)的(de)战斗中损坏的(de)联邦星舰进(jin)取号，返(fan)回(hui)了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波(bo)克的死感到悲伤。麦(mai)科伊医生出现了种(zhong)种异常的(de)行为：如擅自闯入被(bei)封锁(suo)的(de)斯波克(ke)原(yuan)来(lai)的舱房、胡言乱(luan)语等，最后他被(bei)送进了(le)医院进(jin)行精(jing)神检查。斯科(ke)提被另分(fen)派到了联邦星舰精(jing)进号。星际(ji)舰队指挥部 对新形成的创(chuang)世(shi)星下达(da)了禁入令。柯克被告知，进(jin)取号即将除役(yi)。
　　斯(si)波克的(de)父亲沙瑞克找到柯克并(bing)告诉他，斯波克的遗体必(bi)须返回(hui)瓦肯(ken)星，否则(ze)他(ta)的灵魂就(jiu)不得安息。沙瑞克(ke)要求柯克必须(xu)回到创世(shi)星，寻回斯波克的遗棺并将它带回(hui)瓦肯星——而斯波克(ke)临死前与麦科(ke)伊进行(hang)了心灵(ling)融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯(ken)星。
　　可是，星际舰队拒绝让陈旧(jiu)的进取号离开太空港。从(cong)医院出来后(hou)听(ting)闻消息的麦(mai)科伊，企图招募一艘飞船回(hui)到(dao)创世星(xing)。在与人(ren)争吵时他被逮捕，但这并没有影响(xiang)到整个计划：在柯(ke)克、斯科特(te)、苏(su)鲁、乌乎拉和切科夫的(de)帮助下麦科伊顺利(li)逃(tao)脱，并一同登上了被(bei)废弃的进取(qu)号。为(wei)了(le)避免(mian)被追击，斯科提还破坏了精进号的引擎。六名伙(huo)伴冒着(zhe)毁掉毕生事业的风险，驾驶进取号航向创世(shi)星。
　　其间，克(ke)林贡人得知(zhi)了创世计划(hua)和(he)创世星的消(xiao)息。由于担心联(lian)邦将(jiang)其改造为(wei)一种新式武器，克鲁(lu)格船(chuan)长率领(ling)一艘克(ke)林(lin)贡猛禽战舰，去夺取或(huo)摧毁这一战略性的武(wu)器。
　　在联邦星舰葛瑞森(sen)号(hao)上，戴维(wei)·马库斯博士与莎维(wei)可上尉在创世星的轨(gui)道(dao)上进行(hang)着科学观测。他们(men)很快便在(zai)地面上(shang)发现(xian)了生命形式，出于(yu)好奇心的驱使(shi)，他们俩传送上了星球表面并发现了(le)斯波克空(kong)荡的遗棺。循着生命形式的读数，他们(men)发现(xian)了幼(you)年斯波克的活(huo)体：成长速度奇(qi)快(kuai)，但却没有(you)意识或灵(ling)魂。
　　克林贡人在此(ci)时也抵达了创世(shi)星，他们摧(cui)毁(hui)了(le)葛(ge)瑞森号并抓获莎(sha)维可、马库(ku)斯和少(shao)年的(de)斯波克作为人质。不一会，进取号也抵达穆塔拉星区（Mutara Sector），很快就被克鲁格与他的一群克林贡(gong)战士攻击到瘫痪。由于(yu)克林(lin)贡人威胁将夺去人(ren)质的(de)生(sheng)命，柯克使用了一个计(ji)谋来(lai)重新掌控局势，但并未成(cheng)功。戴维·马(ma)库斯随后被克林贡人杀(sha)害。由(you)于(yu)没有其他的选(xuan)择，柯克(ke)只得向克林贡(gong)人(ren)投(tou)降。柯克(ke)为(wei)了重新(xin)占据上风，冒死一(yi)搏(bo)启动了进取号的自毁程(cheng)序。进取(qu)号的(de)船员随后传送上了创世星，目睹(du)着(zhe)进取号(hao)在一片(pian)亮光(guang)中(zhong)毁灭，同时也(ye)捎带上了克鲁格大部(bu)分的战士。
　　柯克最(zui)终与(yu)他(ta)的(de)团队从克(ke)林贡人手中营救(jiu)了斯(si)波克与(yu)莎维可，并在与克鲁格的一对一战(zhan)斗中杀死了他。由于创世(shi)星独特的力量，斯波克的遗(yi)体得以重生(sheng)，并随着创世星衰老的速(su)度迅速(su)地成长(zhang)。在离开不稳定(ding)的(de)创(chuang)世(shi)星时，斯波克(ke)刚好达到(dao)死亡(wang)前的年龄。在(zai)登上夺来(lai)的(de)猛禽舰(jian)时，创世(shi)星开始了剧烈的爆炸。
　　在沙瑞(rui)克(ke)的(de)庇护下，猛(meng)禽舰抵达了瓦(wa)肯星。在经历了危(wei)险的“浮图(tu)邦术(shu)”仪式(shi)后，斯(si)波(bo)克(ke)的灵(ling)魂离开了麦(mai)科伊的意识回到(dao)了自己的(de)身体(ti)中(zhong)。仪式(shi)最终(zhong)成功，复活(huo)的斯波克开(kai)始重新回忆他的过(guo)去(qu)与朋友(you)。他问进取号的船(chuan)员们，为什么要冒着失去(qu)生命(ming)与毁(hui)掉事业的危险营救(jiu)他；柯克(ke)告诉(su)他，有些时候(hou)需要“牺牲小我，成全大我”。