主(zhu)角有马拓也(ye)为一(yi)个无所事事的高中(zhong)生，他父(fu)亲是(shi)历史学家，却(que)在研究时失踪，留下他与(yu)继母两人相依为命。暑(shu)假时主角(jiao)收(shou)到父亲(qin)寄来(lai)的包裹，里(li)面有一个罗(luo)盘和三(san)颗水晶珠(zhu)，以及(ji)一封写(xie)着「时间是可逆的，历史是(shi)不可逆(ni)的」云(yun)云以及一些关(guan)于平行世界概念的信，并交(jiao)待主角晚上去当地有(you)名的地(di)标(biao)剑之(zhi)岬(jia)去见一个人。                                    
                               　　拓也晚上如(ru)约来到剑之岬，发(fa)现(xian)自(zi)己的继母亚(ya)由美和父亲研究夥伴龙(long)藏(cang)寺幸三都在场。原(yuan)本和蔼的(de)龙藏(cang)寺突(tu)然翻脸要有马把收(shou)到(dao)的邮包交出来，并拔(ba)出枪来威胁他，千钧一(yi)发之际，一道闪电落下(xia)劈在了神社的御神石上，拓也就此(ci)晕去。等拓(tuo)也甦醒过来(lai)周围已经(jing)旁(pang)无一人，回家(jia)睡了一觉后(hou)才发现(xian)不对劲。继母(mu)和龙藏寺完全不记(ji)得昨晚(wan)发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给(gei)他的(de)遗物是可以让(rang)人在平(ping)行世界自(zi)由穿梭的神奇道(dao)具，于是他(ta)为(wei)了找到(dao)父(fu)亲真正(zheng)的下落展开了一系列调(diao)查。