数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极(ji)击溃(kui)“哥吉拉(la)”，并且将(jiang)“哥吉拉”封印在(zai)地底下(xia)。但是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多(duo)多的(de)怪(guai)兽，对各大人(ren)类都市(shi)虎视眈眈。于是，人类成立了“地(di)球防卫部(bu)”，专门对付各种怪兽的(de)入侵。而地球防卫(wei)部最(zui)强大(da)的成员，就(jiu)是当年(nian)封(feng)印哥吉拉的(de)“轰天号”以(yi)及其舰长(zhang)“道(dao)格拉斯(si)·戈登上校”。
　　此外(wai)，为了应付怪兽对人类造成的困扰(rao)，地(di)球防卫部特别甄(zhen)选(xuan)了有特殊能力的人类(lei)，这些(xie)“超人类(lei)”拥有(you)普通人(ren)类所没有的“M染(ran)色体(ti)”，让这些(xie)人(ren)类拥有比(bi)普(pu)通人更强大的(de)体能跟敏捷性，以应付怪兽的攻击，其中的佼佼者就(jiu)是“尾崎真一少尉”。
　　就(jiu)在(zai)不(bu)久(jiu)之(zhi)前，人(ren)们挖(wa)到(dao)一个巨大怪(guai)物的遗骸，而且(qie)怪物(wu)拥有机械(xie)跟生物的(de)本(ben)质，怀疑能够将生物跟机械(xie)结合起(qi)来(lai)的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎(qi)真(zhen)一收到来自婴(ying)儿岛(dao)“小美人”的警告，这个怪(guai)物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖(gai)刚(gang)”，盖(gai)刚的(de)出现代表着人类的危机。
　　就在盖刚(gang)出土不久，世(shi)界各地(di)突(tu)然在(zai)同(tong)一时(shi)间，遭受到了各大怪物的攻(gong)击，一时之间让地球防卫部忙(mang)的焦头烂额。但是突然出现的神秘飞(fei)行器，却将(jiang)这些怪物全部都带走(zou)。这些自称“X星人”的(de)外星来(lai)访(fang)客，声(sheng)明自己是人类的朋友，要跟(gen)人类(lei)建(jian)立起同(tong)盟关系，更声称有一个巨大的(de)星球(qiu)即将(jiang)撞(zhuang)上(shang)地球(qiu)。但是在尾崎真一(yi)还(hai)有道(dao)格拉斯(si)等(deng)人的调查之下，发(fa)现根本就没有神秘星球要撞击地(di)球。而(er)那些怪兽根(gen)本就是外星(xing)人(ren)侵略地球所释放(fang)的(de)，X星人根本是(shi)要把人类当作粮食(shi)来(lai)利用。
　　虽然外星(xing)人的(de)真面目被(bei)揭穿，但是(shi)外星人拥有不可思议的超能力，还有(you)手下听命于外(wai)星人的巨大(da)怪物。地球防卫军最后被歼灭，只剩下(xia)轰天号(hao)还苟延残(can)喘(chuan)著(zhe)。此时，道格拉斯想出一个(ge)大胆的计策，就(jiu)是解开南极哥吉拉的封印(yin)，让(rang)代表(biao)地球最强大(da)怪物(wu)的哥(ge)吉拉(la)，去面对这些外(wai)星来的(de)侵略者....