故(gu)事的舞台是互(hu)联网系统(tong)发(fa)达的(de)都市「DEN CITY」。                                    
                               　　在那里有(you)经(jing)由巨型企业(ye)「SOL技术(shu)社」通(tong)过高度的网(wang)络技术构筑而成的被(bei)称(cheng)为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空(kong)间中(zhong)为体验到全新的决(jue)斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利(li)用决斗来进行黑客行为(wei)的谜之黑客集(ji)团「海诺因骑士团(tuan)」。而(er)他(ta)们(men)的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界(jie)=电子界”毁灭。                                    
                               　　然(ran)而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站(zhan)了出来。而(er)他的(de)名字正(zheng)是「Playmaker」。                                    
                               　　在那(na)场传奇的战斗中，「Playmaker」使(shi)用压倒性的(de)决斗(dou)将(jiang)「海诺因骑士(shi)团(tuan)」打倒，成(cheng)功捕获了(le)「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都(dou)想要(yao)得(de)手的(de)迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却(que)突然消声(sheng)匿迹(ji)了，而(er)他(ta)的名字就(jiu)在互联网的世界中(zhong)一瞬间变得声名远播，成(cheng)为了传(chuan)说。                                    
                               　　而现在，作(zuo)为「Playmaker」的正体的某位(wei)高中生藤木(mu)游作(zuo)，为了寻找过去(qu)发生的某件事件(jian)的真(zhen)相，对(dui)再次在「VRAINS」出现的「海诺因(yin)骑士团」展开(kai)了追(zhui)击......  以(yi)此为契(qi)机，命运的齿轮就(jiu)此转动……                                    
　　迷之AI的真身，「海(hai)诺因骑士团」盯上(shang)「Link Vrains」的目的，以及隐藏在(zai)游作过去(qu)的(de)真相到底是———                                    
　　所有的答案，都在「Link Vrains」中